Sakık'ın örgütün dağılması, örgüt elemanlarının yakalanması ve sığınakların ele geçirilmesi konusunda yardımları olduğunu ifade eden avukat, müvekkilinin yasadan yararlanması gerektiğini savundu.
Şemdin Sakık ise avukatının savunmasına katıldığını belirterek, 10 sayfalık yazılı savunmasını okuduktan sonra mahkeme heyetine verdi. Savunmasında örgütün ikinci adamı olarak nitelendirildiğini belirten Sakık, ikinci adam kavramının batı toplumlarında mevcut olduğunu savunarak şöyle konuştu:

'İkinci adamlık doğu geleneklerinde yoktur. Batıda yardımcı, doğuda yaver var. Birincisi ikinci adamlığa, ikincisi kuryeliğe tekabül eder. Batıda danışman, doğuda soytarı ya da dalkavuk vardır. Danışman fikir, dalkavuk alkış üretir. Gerçek şu ki şefimizin ikinci veya üçüncü adamı yoktu. Soytarıları, dalkavukları ve hizmetçileri vardı. Azgın terörist olabilirim ama ikinci adam değilim. Geçmişin hatalarından duyduğum pişmanlık samimiydi. Samimiyetin karşılığını bekliyorum. Örgütten yüzlerce adamın ayrılmasını sağladım. Televizyona çıkıp anlattım. Şemdin Sakık'ın samimiyeti ile Abdullah Öcalan'ın ikiyüzlülüğü arasına bir fark konulmayacak mı?'

Mahkeme heyeti verdiği aradan sonra, 'Sakık'ın örgütün en üst düzeydeki yönetim biriminde yer alarak, tamamı etkili olacak şekilde terör örgütünü sevk ve idare eden kişilerden olduğu anlaşıldığından'
4959 sayılı Topluma Kazandırma Yasası'nın 3/a maddesi gereğince yerinde görülmeyen talebinin reddine karar verdi. Diyarbakır 1 nolu DGM, Irak'ın kuzeyinde 1998 yılında saklandıkları eve düzenlenen operasyonla yakalanarak, kardeşi Arif Sakık ile birlikte Türkiye'ye getirilen Şemdin Sakık'ı, 'terör örgütünün aldığı kararlar ve verdiği emir ve talimatlarla sevk ve idare ederek, devletin himayesi altında bulunan topraklardan bir kısmını devlet idaresinden ayırmaya yönelik eylemleri gerçekleştirdiği' gerekçesiyle, 1999 yılında idam cezasına mahkum etmişti. Daha sonra AB Uyum Yasaları kapsamında Sakık'ın cezası müebbet hapis cezasına dönüştürülmüştü. Sakık, ayrıca kamuoyunda Elazığ-Bingöl karayolunda 33 erin şehit edilmesi olayında talimatı veren kişi olarak gösteriliyor.