Avrupa Birliği, "ek protokolün tam ve ayrımsız uygulanmasını, tüm ulaşım imkanları üzerindeki kısıtlamalar dahil malların serbest dolaşımı üzerindeki engellerin kaldırılmasını bekler. Bu yükümlülüklerin yerine getirilmemesi müzakere sürecinin ilerlemesini etkiler" denildi. Türkiye İlerleme Raporu'nu yayımlayan AB Komisyonu, imzalanan Ek Protokol'e (Ankara Anlaşması) karşın limanların ve havaalanlarının Kıbrıs Rum kesiminin kullanımına açılmadığı tespitinde bulunarak, AB'nin gelişmeleri yakından izlemeyi sürdüreceğini ve 2006 yılı bitmeden değerlendirme yapılacağını bildirdi.
Geçen yıl 140 sayfalık rapor yayımlayan, bu yılki raporunu 75 sayfada tutan AB Komisyonu, Türkiye'nin AB'ye üyelik hazırlığını hem siyasi ve ekonomik açıdan, hem de fasıllar itibariyle inceleyerek son 1 yılda bu doğrultuda kaydedilen gelişmelere değindi. Türkiye'de reform sürecinin yavaşladığından bahsedilen ve halen çalışmaları süren 9'uncu reform paketinin bu rapor dönemine yetiştirilemediği anlatılan İlerleme Raporu'nda, Ombudsmanlık müessesesinin getirilmesinden övgüyle söz edildi. Sivil-asker ilişkileri kapsamında Türkiye'nin AB standartlarını yakalama yolunda bazı ilerlemeler sağladığı, sivillerin askeri mahkemelerde yargılanmasının önüne geçildiği belirtilen raporda, Türk Silahlı Kuvvetleri'nin siyaseti önemli oranda etkilemeyi sürdürdüğüne vurgu yapıldı.
Raporda buna örnek olarak bazı üst düzey askerlerin Kıbrıs, laiklik, Kürt sorunu ve Şemdinli olaylarıyla ilgili yaptıkları açıklamalar verildi. Yargı alanında Türkiye'nin yaptığı düzenlemelere ve yargı mensuplarının eğitilmesine rağmen, özellikle Türk Ceza Kanunu'nun 301'inci maddesinin şiddet içermeyen fikirlerin ifadesini kısıtlamaya yönelik kullanılmasından şikayet edilen raporda, Şemdinli olayları örnek gösterilerek, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun işleyişinin şüphe uyandırdığı ifade edildi. İlerleme Raporu'nda yolsuzlukla mücadelede Türkiye'nin son 1 yılda özellikle kamu yönetiminde şeffaflık açısından sınırlı ilerleme sağladığından bahsedilirken, "Buna karşın yolsuzluk yaygınken yolsuzlukla mücadele kurumları ve politikaları zayıf kalıyor" denildi.

KIBRIS
İlerleme Raporu'nda, Türkiye'nin imzaladığı Ek Protokol (Ankara Anlaşması) uyarınca Kıbrıs Rum kesimi dahil 10 yeni AB üyesi için ulaşım üzerindeki kısıtlamalar dahil, malların serbest dolaşımını sağlamakla yükümlü olduğu belirtilerek, "AB bunu yakından izlemeyi sürdürecek ve 2006 yılı içinde tam uygulama yapılıp yapılmadığını değerlendirecek" ifadesine yer verildi. Türkiye'nin pek çok fırsatta Kıbrıs'ta BM önderliğinde kapsamlı bir çözüme bağlı kaldığını ifade ettiği hatırlatılan raporda, teknik komitelerin oluşturulması konusunda da Türkiye'nin Ada'daki her iki topluma desteğini yinelediği ifade edildi.

Raporda, Türkiye'nin Ek Protokol'ü tam olarak uygulamadığı ve limanlarını Kıbrıs Rum kesimi bayraklı gemilere açmamayı sürdürdüğü tespitleri yapılarak, bunun malların serbest dolaşımını kısıtladığı ve Gümrük Birliği anlaşmasının ihlali anlamına geldiği iddia edildi. Benzer kısıtlamaların hava ulaşımında da söz konusu olduğu kaydedilen raporda, Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ve Dışişleri Bakanı ve Başbakan Yardımcısı Abdullah Gül başta olmak üzere Türk yetkililerinin, KKTC üzerindeki izolasyonlar kaldırılmadan Ek Protokol'ün uygulanmayacağını birçok kez dile getirdikleri anımsatıldı.

Buna karşın AB'li yetkililerin, "KKTC'nin durumunun limanların açılması konusuyla irtibatlandırılmaması" gerektiğini söyledikleri belirtilen raporda, Ek Protokol'ün uygulanmasının Türkiye'nin yasal yükümlülüğü olduğu ileri sürüldü. AB Komisyonu İlerleme Raporu'nda Türkiye'nin Kıbrıs için "Eylem Planından" da bahsedildi. Raporda, Türkiye'nin Kıbrıs Rum kesiminin OECD gibi uluslararası örgütlere katılımını veto etmeyi sürdürdüğü de dile getirildi.