Konya Valiliği, 19 Şubat 2014 tarihinde, 'Şefkat Tepe' dizisinin il merkezi ve ilçelerindeki çekimler için daha önceden verilen iznin iptal etmişti. Valilik, gerekçe olarak da İl Kültür Müdürlüğü tarafından Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu kapsamına giren mekanlarda yapılan çekimlerin Müze Müdürlüğü’ne önceden bilgi verilmemesi ayrıca ilgili mekanlarda temizlik ve tamirat gibi çalışmaların müze uzmanı denetiminde yapılmamasının yanı sıra 25 Ocak’ta yayınlanan bölümde Hz. Muhammed'e ilişkin görüntülerin yazılı ve görsel basında tepkilere neden olması yönündeki kararı gösterildi.

Konya Valiliği'nin kararının artından Samanyolu TV ve dizinin yapımcı şirketi Ser Film, Konya 2'nci İdare Mahkemesi'nde başvurdu. Mahkemede, 21 Şubat 2104 tarihinde, "Dava konusu işlemin dizinin çekim izni onayının iptal edilmesini ve dizi çekimlerinin durdurulmasına ilişkin olması ve uygulanması halinde telafisi güç zarar doğurabilecek nitelikte bulunması nedeniyle, olayın niteliğine ve davanın durumuna göre davalı idarenin savunması ve ara kararı cevabı alınıp ya da savunma ve ara kararına cevap verme süresi geçip yeni bir karar verilinceye kadar, yürütmeyi durdurma kararı aldı.

Konya Valiliği de yürütmeyi durdurma kararına itirazda bulundu. Valiliğin itirazı kabul edildi ve yürütmeyi durdurma kararı reddedildi. Valilik tarafından yapılan açıklamada:

"SER Film A.Ş'nin Şefkat Tepe Dizisinin Çekim izninin iptaline ilişkin Yürütmeyi Durdurma Talebi Reddedildi. Konya Bölge İdare Mahkemesi, Konya 2. İdare Mahkemesinin SER Film A.Ş'nin talebine (Şefkat Tepe Dizisi) İlişkin verdiği 11.04.2014 gün ve E:2014/186 sayılı Yürütmenin Durdurulması Kararını, Valiliğimizin itirazı üzerine kanuni şartların olayda gerçekleşmediği gerekçesi ile kaldırdı ve yürütmenin durdurulması istemini 20.05 2014 tarihindeki kararıyla reddetti. Bu durumda SER Film A.Ş (Şefkat tepe dizisi) izne tabi yerlerde izin almadan çekim yapamayacak."denildi. Mahkemenin ardından gözler yapımcı firmaya çevrildi.