Organize suçlara bakmakla görevlendirilen Ankara Cumhuriyet Başsavcı vekili Hamza Keleş, Kaya'nın milletvekilliğinin düşmesinin ardından başlattığı soruşturmayı tamamlayarak, Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne dava açtı. Soruşturma süreci özetlenen iddianamede, Kaya ile ''Enerjide Yolsuzluk'' operasyonu davası sanıkları arasında yapılan telefon görüşmelerinden alıntılara yer verildi. Kaya'nın, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı'nda baskı ve şiddete dayalı örgütsel bir yapı kuran İbrahim Selçuk'un ihalelerdeki etkinliğini bildiği, bu nedenle bağlantı içinde olduğu öne sürülen iddianamede, Selçuk ile Kaya'nın telefon konuşmalarında karşılıklı ''baba'' tabirini kullanmalarının ve kırım miktarlarını birlikte önceden kararlaştırmalarının, ihalelerdeki işbirliğini açıkça ortaya koyduğu savunuldu. İddianamede, özetle şu görüşlere yer verildi: ''Cemal Kaya'nın, Urfa Doğalgaz Boru Hattı, Özlüce, Kargamış, Kuzguncuk ihaleleri ön aşama safhasında, ihalenin kendisine verilmesi, kırım miktarlarının önceden belirlenmesi, bu yönde İbrahim Selçuk'un, Servet Üst ile Önder Piyade'yi etki altına alması ve böylece görevlileri tehdit veya hediye ile baskı altına alarak ihaleye fesat karıştırdığı, çıkar amacına yönelik örgüt kuran Selçuk ile birlikte hareket ettiği ve işbirliği yaptığı anlaşılmıştır.''