Ergenekon iddianamesi ile iddianameye dayanak olan klasörler içerisindeki bilgilere göre, kurulmasından sonra örgütün, Türkiye’de ‘gizli hakim güç” olmayı hedeflediği öne sürüldü. Ergenekon belgelerinde “Ergenekon, toplumsal olaylarda hiç öne çıkmamalı” kuralının bulunduğu öğrenildi.
Terör örgütü PKK ile Ergenekon’un ilişkilerine de yer verilen iddianamede, terörist Abdullah Öcalan’ın isminin geçtiği öne sürüldü.
Türkiye’deki bütün meşhur köşe yazarları ile gazetecilerin “Mitçi, CIA’cı, MOSSAD’cı” diye fişlendiği ve bunun örgütün üst yönetimine bildirildiği belirlendi.
Soruşturma dosyasında ayrıca, “Ahmet Taner Kışlalı cinayeti” ile ilgili elde edilen belgeler de yer alıyor. 1991-2007 arası işlenen cinayetler de yüzlerce sayfada anlatıldı.

Mumcu, Bitlis, Sabancı...
İddianamede gazeteci-yazar Uğur Mumcu ile eski Jandarma Genel Komutanı Eşref Bitlis’in öldürülmesine ilişkin belgeler de yer aldı. İP’nin seçimlerde neden “yüzde 1’i” geçemediği de raporlarda yer alıyor.
Örgütün, “finansal kaynağının tam olarak tespit edilemediği ancak uyuşturucu ticareti sonucu gelir elde edildiği” şüphelerine de yer verildi.
Dosya içerisinde ayrıca, Sabancı suikastı belgesinin bulunduğu da öğrenildi. Ancak, cinayetin, delil yetersizliği nedeniyle ‘direkt’ örgüte bağlanmadığı kaydedildi.
Örgütün, sadece AKP hükümeti değil, Bülent Ecevit koalisyon hükümeti aleyhine darbe benzeri faaliyetlerde bulunduğu da vurgulandı. Ergenekon içerisinde “sağcı, solcu, tarikatçı, radikal dinci” diye birçok grubun yer aldığı ancak bunların birbirinden haberinin olmadığı iddia edildi.
Örgütün, “aynı anda farklı görüşte birkaç grubu etkisi altına aldığı” ifade edildi.
“Ülkücü ve solcu” karşıt görüşlü grupların, bir mitingde karşılaştığında orayı terk ettiği ancak daha sonra liderleri tarafından, ‘niye mitingi terk ediyorsun? Aynı amaç için oradayız’ denilerek yönlendirildiği de sanık ifadelerinde yer aldığı öne sürüldü.
İddianamenin ilk 100 sayfasında olaylar ve sanıklar, 400’e kadar örgüt delilleriyle beraber örgüt faaliyetleri ve sonraki bölümlerde de bireysel durumlarla ilgili bilgilere yer verildi.
Örgütün, “Kemalistleri” dinsiz gördüğü kaydedildi. Kanunlarda belirtilen resmi Atatürk  milliyetçiliği ile örgütteki “Atatürkçülüğün” farklı olduğunun belirlendiği öne sürüldü.