İdare mahkemesinden, kararın iptalini isteyen Doğan, dava dilekçesinde, Gül'ün keyfi davrandığını ve "Ben devletim" anlayışı ile karar verdiğini belirtti. Doğan'ın 28 Şubat sürecinde Batı Çalışma Grubu'nun başkanlığını yapması nedeniyle Gül'ün kararı dava dilekçesinde, "rövanş" olarak değerlendirildi. Doğan, 2002'de Yüksek Askeri Şura toplantısında Gül ile karşı karşıya geldiğini ilk kez resmen açıkladı.

Doğan, Cumhurbaşkanlığı'na karşı açtığı davada, görev süresi dolmadan görevden alınmak için "hastalık, iş göremezlik, görevi etkileyen mahkûmiyet veya yolsuzluk " gibi olağan üstü nedenlerin olması gerektiğini belirtti. Doğan dava dilekçesinde, "Böylesi bir durum olmadan görevden almak, keyfidir. 'Ben Devletim ' anlayışının göstergesidir " dedi. Avukat Tezcan Çakır, tarafından kaleme alınan dilekçenin önemli satırbaşları şöyle:

Ayet-i Kürsi vurgusu

"Vekilim emekli orgeneraldir. Gerek Genel Kurmay karargâhında ve gerekse mütevelli heyet başkanlığı görevi sırasında yaptığı çalışma ve faaliyetler bir kesim çevreleri rahatsız etmiştir. 28 Şubat sürecinde Hareket Daire Başkanı olarak 'Batı Çalışma Grubu'nun ' başkanlığını sürdürmüştür. Üniversitede tarikatlaşmanın önünün kesilmesi, hiçbir akademik unvana sahip olmayan kimselerin rektör yardımcısı gibi üst düzey üniversite birimlerinin başından alınması, sahte akademik unvanları kullananların işine son verilmesi, üniversiteye öğrenci alımında sadece YÖK'ün koyduğu sınav sisteminin geçerli hale getirilmesi, özel öğrenci seçimine yönelik mülakatlara son verilmesi, sözlü sınavlarda öğrencilerin 'Ayet-i Kürsi ' türünden dini sorulara muhatap edilmelerinin sorgulanması, belli çevrelerin hedefi haline getirmiştir.

YAŞ ve rövanş

Bu kesimlerin vekil edenim aleyhine yazı ve şikâyetleri davalı makama da ulaştırılmış olmalı ki, adeta bir rövanş olarak dava konusu karar tesis edilmiştir. Bir başka anlatımla, dava konusu kararın gösterilmeyen veya görülmeyen gerçek sebebi, yaptığı çalışma ve hizmetlerinden tedirgin olan belli bir kesimin, karşı tepkisidir.

Görevden alınma, belirli bir kadrolaşma düşüncesinin tepkisi ve yansımasıdır. 2002 YAŞ toplantılarında karşı karşıya gelinmiş, tepkilerini dile getirmiştir. Üniversitede türbanla girişi yasaklamıştır. " (MİLLİYET)