EGM'nin, TÜBİTAK'ın "Kamu Kurumları Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı"ndan faydalanmak amacıyla başlattığı 19 proje arasında yüz tanıma sistemi de yer aldı. Değişik dairelerden uzman personel de çalışma grubunda görevlendirildi. ODTÜ ile ilk toplantı 23 Aralık 2005'te yapıldı. Toplantıda projenin takvimi ve maliyeti konusunda bilgiler anlatıldı. Toplantının ardından Aydıner'in imzasını taşıyan 5 Ocak 2006 tarihli "olur"la resmi çalışmalar başlatıldı.

Uzun: Rakam abartılı
Ancak, iki hafta sonra Uzun, Bilgi İşlem Dairesi'ne gönderdiği yazıda, "Projenin yüksek hassasiyet ve ketumiyet gerektirdiğini" belirterek, "İş ve sürekliliğin esas olması, teknolojinin ve internetin sürekli gelişmesi nedeniyle çalışmaların aksamaması, zaman kaybı ve yatırımlarda mükerrerliğin önlenmesi için projenin kendi dairelerince yapılmasının uygun olacağı" görüşünü iletti.
Uzun'un imzasıyla resmi yazı ekinde gönderilen İstihbarat Dairesi uzmanlarınca hazırlanan raporda da, projenin EGM'nin ihtiyaçlarının yaklaşık yüzde 30'luk kısmını karşıladığı, hazır bir ürüne dönüştürülmesinin 4-5 yılı bulacağı vurgulandı.
Bu süre içinde sisteme sahip olmamanın güvenlik zafiyetleri doğuracağı anlatılan raporda, öngörülen bedelin çok abartılı olduğu, bu şekilde rasyonel kaynak kullanımının mümkün olmadığı anlatıldı.

Yazının EGM üst yönetiminde değerlendirilmesinden sonra proje lideri Bilgi İşlem Dairesi'nin İstihbarat Dairesi'ne gönderdiği yazıda, Aydıner'in "çalışmaların devam ettirilmesi yönünde şifahi emirleri olduğu" belirtildi.

Yolsuzluk sembolü
Uzun ise, bir yazı daha yazarak, isim vermeden Aydıner'i sert bir dille eleştirdi. "Yeterli araştırma yapılmadan proje için öngörülen 8 milyon dolarlık muhammen bedelin gelecekte yolsuzluk ekonomisinin sembolü olarak medyaya intikal edip soruşturma konusu olacağını" savunan Uzun, şöyle devam etti:

"Dairemiz ve personelinin adının böyle bir yolsuzlukla anılması durumunda adli ve idari sorumluluklar yanında tazminat sorumluluğunun doğması kaçınılmazdır. Çalışma gruplarının oluşturulması aşamasında görevlendirilecek dairemiz personeline yolluk, bilimsel ödenek ve her ne ad altında olursa olsun herhangi bir ücret ödenmemesi hususunda bilgi ve gereğini arz ederim."