Ergenekon Soruşturması’nın en ’kafa karıştıran’ figürlerinden ve Ergenekonyapılanmasıyla ilgili iddiaların ’temel isim ve dayanaklarından’ Tuncay Güney’in MİT elemanı olduğu iddiası, halen süren davayı da derinden sarsacak gibi.Ergenekon iddianamesine giren bir çok bilgi, Tuncay Güney’in arama yapılan ev ve ofisinden çıkan Ergenekon’la ilgili 6 çuval belgeye dayandırılıyor. Bu belgeler arasında, "Ergenekon Yeni Yapılanma Yönetim ve Geliştirme Projesi", "Lobi", "Ulusal Medya", "Birleşik Komün Girişimi" gibi dokümanlar da var. Bugün tutuklu bulunan çok sayıda kişinin ismi belgelerde geçiyor.