Papanın Vatikan Devlet Sekreteri (Başbakan) Kardinal Bertone aracılığıyla yaptığı açıklamada, konuşmasının yanlış anlaşıldığını ima etti. Bertone, dün göreve başlamasının ardından, bugün konuya ilişkin yaptığı yazılı açıklamada, "Papa, konuşmasının bazı bölümlerinin Müslümanların duyarlılığını inciticiymiş gibi bir hava oluşturmasından, kendi niyetine tümüyle ters biçimde yorumlanmasından dolayı son derece üzgün" dedi.
Açıklamada, Papanın din ile şiddetin birbiriyle bağdaştırılamayacağını vurgulamak dışında bir amaç taşımadığı belirtilerek, şu ifadelere yer verildi: "Papa, oradaki konuşmasında genel itibarıyla din ile şiddet arasındaki ilişkiyi irdelemekte, hangi taraftan olursa olsun şiddete dinsel bir gerekçe göstermenin net ve kesin biçimde reddedilmesi gerektiğini söylemek istemekteydi".
Müslümanların Papanın sözlerini doğru anlaması gerektiği kaydedilen açıklamada, "Papa, sözlerinin doğru biçimde anlaşılması konusunda, onlara (Müslümanlara) yardım, bu sayede de halihazırdaki zor anın aşılmasını dilemektedir" denildi. Açıklamada, Katolik Kilisesinin II. Vatikan Konsilinde (1962-1965) Müslümanlar hakkında kullandığı ibarelerin Papa tarafından aynen yinelenmesi de dikkati çekti.
Açıklamanın, Papanın Müslümanlara "saygı" duyduğunun dile getirildiği söz konusu bölümünde, "Papa'nın dileği, yaşayan, sürgit mevcut, yerin ve göğün yaratıcısı, insanlara konuşmuş olan tek Tanrı konusundaki tanıklığın; ayrıca, tüm insanlık adına sosyal adalet, ahlaki değerler, barış ve özgürlüğü yayma ve de özendirme işbirliğinin güçlendirilmesidir" ifadeleri kullanıldı. Açıklamada, Papanın Müslümanlarla diyaloga önem verdiğinin göstergesi olarak, 16. Benediktus'un geçen yıl Almanya'ya yaptığı ziyarette, 20 Ağustos 2005'te Müslümanlardan oluşan bir heyeti kabul ettiği de hatırlatıldı.