Komisyonun hazırladığı raporda, hukuka aykırı uygulamalar nedeniyle sorumlu olanlar hakkında gerekli işlemlerin yapılması, varsa kamu zararının tazmini, tesbit edilen uygulamaların varsa benzerlerinin de tesbit edilerek gerekenlerin yapılması için raporun birer örneğinin Cumhurbaşkanlığı, Başbakanlık, Maliye Bakanlığı, Sayıştay Başkanlığı, Yetkili ve Görevli Samsun Cumhuriyet Başsavcılığı'na, Cumhurbaşkanı Devlet Denetleme Kurulu Başkanlığı ve YÖK Başkanlığı'na gönderilmesinin uygun görüldüğü ifade edildi.
Ondokuzmayıs Üniversitesi'nde kamu adına yürütülen idari tasarrufların, Rektör Ferit Bernay'ın göreve başladığı dönemde oluşan gergin ve parçalanmış atmosferin, bu gün yaşanan ayırımın temelini oluşturduğu, 2000 yılındaki rektör seçimi öncesinde ve sonrasındaki süreç içinde yaşanan olayların ayırımı derinleştirdiği ve üniversite personelini gruplara ayırdığının anlaşıldığı belirtildi.

Rektör seçimi sonrasında da yönetime tam olarak hakim olma çabasıyla, idari görevlerin rektör seçimi sürecinde aktif rol üstlenenlere verildiğinin vurgulandığı raporda, Rektör Bernay'ın keyfiliğin her türüne hukuki zemin oluşturan mekanizmaları sonuna kadar kullandığı kaydedildi.

Başlangıçta üniversite yönetimine karşı oluştuğu varsayılan tepkisel bir yaklaşımı bastırmayı amaçlayan keyfi ve hukuka aykırı uygulamaların, direncin devam etmesi üzerine alışkanlık haline geldiği ifade edilen raporda, üniversite yönetimine hakim olan kadro açısından yasal sınırların, idari tasarrufların oluşmasında tamamen etkisiz kaldığını ifade edildi.

 
Üniversite içinde 1999 yılında yapılan gösteride yer alan öğretim elemanlarının tamamının, Prof. Dr. Ferit Bernay'ın rektör olmasından sonra üniversite yönetiminin çeşitli kademelerinde görev aldığı belirtilen raporda, "Bu durumun öğretim elemanlarının kendi içinde belirli bir disiplin içinde hareket edecek şekilde örgütlendiklerini, fonksiyon itibariyle tabir-i caizse parti benzeri örgütlü bir yapı oluşturulduğunu ortaya koymaktadır" dedi.
Bir önceki rektör döneminde görev yapan yöneticilerin , doğrudan tehdit edilerek istifaya zorlandığı yönünde iddialar bulunduğu dile getirilen raporda, istifaya zorlandığı halde istifa etmeyen müdürler hakkında ise peş peşe soruşturmalar açıldığı kaydedildi.
Üniversite rektörlerinin seçimle belirlenmesinin, öğretim üyeleri arasında 'parti' benzeri gruplaşmalara yol açtığına değinilen raporda, "Yükseköğretim kurumları içinde fonksiyon olarak parti işlevi gören örgütlenmelerin bir fiili durum olarak meydana gelmiş olduğunu göstermektedir. Seçim ile ilgili süreç nedeniyle öğretim üyelerinin kendi aralarında tercih benzeşmesi esasına göre gruplaşmaları belki işleyişin doğası gereğidir. Ancak üniversite içinde bir iktidar meydana getirilmesi hususunda üniversite içi ve dışından kimseler arasındaki dayanışmanın, kamu kaynaklarının paylaşılması aşamasına taşınması ve üniversite kaynakları kullanılarak çeşitli destek noktaları oluşturması, bu destek noktalarının üniversitenin yani kamunun kaynakları ile beslemesi, hukuk devleti açısından tehlikeli bir sürecin varlığına işaret etmektedir" ifadelerine yer verildi.
Çeşitli zamanlarda, kampanyalar halinde üniversite yönetimine destek verenlerin yakınlarının üniversite kadrolarına alındığının ifade edildiği raporda, Rektör Bernay'ın da komisyona verdiği ifadede, "Kanaat önderlerinin yakınlarının üniversite kadrolarına taşımayı uygun gördüklerini" açık bir şekilde söylediği kaydedildi.
Yönetici kadrolarına ek ders ücreti bakımından avantaj kazandırmaya yönelik tercihlerle atama yapıldığı, bu kadar usulsüz uygulamanın Rektör'ün haberi olmadan yapılamayacağının vurgulandığı raporda, "Bir kamu kurumunun, siyasetçi, gazeteci, yargı mensubu, sivil toplum kuruluşu temsilcilerinin kaynak paylaşımında bir arada ve paylaşılan kaynağın korunmasına dönük bir iş birliği zinciri içinde bir arada bulunmasının dikkatlice değerlendirilmesi gerekir" denildi.

Öğretim elemanlarının disiplin soruşturmasına tabi tutulması, öğretim elemanlarının akademik ünvanları ve öğrenci kulüplerinin faaliyetleri konusunda sürekli bir ayrımın olduğu, bazı alanlarda hizmet ihtiyacı ancak yüzde 30 artarken, kullanılan personel sayısının 5 kat arttırıldığı belirtilen raporda, "Bu oranlamadan anlaşılmaktadır ki, kaynaklar verimli kullanılmamaktadır. Diğer yandan mali kaynak ihtiyacından söz edilirken, mali kaynakların otel, irtibat bürosu, konukevi gibi yerlerde kullanılması, çok küçük bütçeli araştırma projelerine destek verilmezken, çok yüksek bedelli eğlenceler düzenlenmesi çelişkidir" denildi.