Yaşanan bu gelişmenin ardından Beşiktaş yönetimi, Sergen'in teknik kadro içinde yer almabilmesi için çalışmalara başlamış ve eski Siyah Beyazlı futbolcunun lisansını B'den UEFA B seviyesine yükseltmek için girişimlerde bulunmuştu. Lisansın B'den UEFA B'ye yükseltilmesi içinse Sergen Yalçın'ın en az  6 ay antrenörlük stajı yapması gerekiyordu.

Bu staj döneminin tamamlanması için 11 Ekim'de Türkiye Futbol Federasyonu'na başvuran Siyah Beyazlı kulüp, Sergen Yalçın'ı Beşiktaş altyapı antrenörü yaparak lisansını yeterli dereceye ulaştırması yolunu seçmişti. Ancak bu olayın kamuoyuna yansıması sonucu bu fikirden vazgeçilmişti. O tarihten bu yana konu ile ilgili bir girişimde bulunmayan Siyah Beyazlı kulüp ve Sergen Yalçın, rafa kaldırdıkları altyapı antrenörlüğü düşüncelerini yeniden uygulamaya karar verdiler.

4 Kasım tarihinde yapılan anlaşma ile Sergen Yalçın, Beşiktaş'ın U-15 takımının antrenörü oldu. Yapılan anlaşmanın bitiş tarihi ise 31 Mayıs 2010. Lisansının B'den UEFA B'ye çıkartılması için gerekli olan en az 6 aylık staj dönemini Siyah Beyazlı kulübün U-15 takımında geçirecek olan Yalçın, bu sürede Beşiktaş A Takımı yedek kulübesinde yer alamayacak, ancak U-15 takımından daha çok A takımın teknik ekibinde bulunacak. 6 aylık staj döneminin ardından ise Tayfur Havutcu ile birlikte Mustafa Denizli'nin yardımcı antrenörlüğü görevini yapacak.

Sergen Yalçın, 6 aylık staj dönemini tamamladığı takdirde, 2005-2006 sezonunun ardından yollarını ayırdığı Beşiktaş'ın A Takımı'na, futbolcu olarak olmasa da antrenör olarak yeniden dönmüş olacak.