Yasayı onayladıktan sonra yapılan açıklamada Anayasa Mahkemesi'ne bazı hükümlerin iptila için dava açacağı belirtilen Cumhurbaşkanı Sezer, iptal başvurusunu yaptı. Sezer, Yasanın 5 ve 6. maddelerinin bazı hükümlerinin iptalini istedi. Cumhurbaşkanı Sezer'in iptalini istediği 5. madde hükmü, 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nun 6. maddesinin 4. fıkrasına ekleme yapıyor.    
Buna göre, isim ve kimlik belirterek veya belirtmeden kime yönelik olduğunun anlaşılmasını sağlayacak surette kişilere karşı terör örgütleri tarafından suç işleneceğini veya terörle mücadelede yer almış kamu görevlilerinin hüviyetlerini açıklama, yayınlama veya bu yolla kişileri hedef gösterme fiilinin basın ve yayın yoluyla işlenmesi halinde, basın ve yayın organlarının suçun işlenişine iştirak etmemiş olan sahipleri ve yayın sorumluları hakkında ceza öngörüyor.
   
Hüküm ayrıca, terör örgütünün faaliyeti çerçevesinde suç işlemeye alenen teşvik, işlenmiş olan suçları ve suçlularını övme veya terör örgütünün propagandasını içeren süreli yayınların hakim kararıyla; gecikmesinde sakınca bulunan hallerde de Cumhuriyet savcısının emriyle tedbir olarak 15 günden bir aya kadar durdurulabilmesini hükme bağlıyor.
   
Sezer'in iptalini istediği 6. madde hükmü ise 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nun 7. maddesinde değişiklik yapıyor.
   
Buna göre hüküm, terör örgütünün propagandasının basın yayın yoluyla yapılması durumunda suçun işlenişine iştirak etmemiş olan sahipleri ve yayın sorumluları hakkında adli para cezası uygulanmasını öngörüyor.

Muhalefet, TMY'nin 6. maddesinin terör örgütü PKK'nın lideri Abdullah Öcalan'a af getirdiğini savunmuştu.