Taraf gazetesinde yer alan, "Balyoz Güvenlik Harekat Planı"nda imzası bulunduğu iddia edilen dönemin Birinci Ordu Komutanı Emekli Orgeneral Doğan, "Türk Silahlı Kuvvetleri'nde her kademede mevcut planları gözden geçirmek üzere harp oyunu, plan tatbikatı ve seminerler yapılması doğal bir uygulamadır" dedi.
    
124.com.tr'ye konuşan Doğan, "TSK'da her kademede mevcut planları gözden geçirmek üzere Harp oyunu, Plan Tatbikatı ve Seminerler yapılması doğal bir uygulamadır. Ordu Komutanlığı yaptığım 1999-2003 yıllarında elbette Ordu Harp Oyunları ve Seminerler düzenlenmiş ve bu etkinliklere Ordu Komutanlığı bünyesinde görevli subay ve generaller katıldığı gibi Kara Kuvvetleri Komutanlığı ve Genelkurmay Başkanları ve beraberindeki getirdikleri general ve subaylar gözlemci olarak katılmışlardır" dedi.

"Görev nedeniyle bu komutanların katılamadığı etkinliklere mutlaka kendilerini temsilen bir üst rütbeli generalin görevlendirilmesi rutin bir uygulamadır" diyen Doğan, "Harp oyunu ve seminerde işlenecek konular ve senaryoların daha önceden üst komutanlara bildirilmesi esastır. Seminer ve harp oyunlarında birliğin mevcut tehditlere karşı kuvvet yapısı ve planların yeterliliği irdelenir" açıklamasında bulundu.

Çetin Doğan, "TSK'nın, nitelikleri anayasada yazılı Türkiye Cumhuriyeti'ni her türlü dış ve iç tehditlere karşı koruma ve kollama görevi bulunmaktadır. İç tehdide karşı koruma görevi kapsamında TSK'nın her kademesinde elbette planları vardır. Bununla ilgili olarak Genelkurmay Harekat Başkanlığım döneminde İçişleri Bakanlığı ile protokol da imzalanmıştır" ifadelerini kullandı.
 
Doğan, iç tehditin sadece bölücülüğü değil,  irticai tehdidi de kapsadığını söyledi.

Çetin Doğan, "Silahlı kuvvetlerin eski bir mensubu olarak daima meşru bir zeminde bulundum. Şahsıma yönelik çirkin bir iftira kampanyasında bulunanların asıl hedeflerinin ben değil TSK olduğunu biliyorum. Halen Ergenokon savcılarını mahkemeye verdim. Dava süreci devam ettiği için bu konuya girmek istemiyorum” dedi.