Kamuoyunda post modern darbe olarak bilinen 28 Şubat sürecinin yaşandığı 1997 yılında İstanbul Üniversitesi rektörlüğüne aday olan Prof. Dr. Mesut Parlak, gazeteci Yalçın Doğan'ın hazırladığı NTV televizyonundaki programa konuk olarak başörtüsü yasağına karşı çıktı. O dönemde Çapa Tıp Fakültesi Dekanı olan Mesut Parlak, bazı öğretim üyelerinin kendisine türbanlı öğrencileri dersten çıkarması gerektiğini söylediğini hatırlatarak "Ben güvenlik gücü değilim, ben polis değilim." demişti. Başörtülü öğrencilere kimlik verilmemesi olayını tartışan rektör adayları TV programında görüşlerini açıklarken Mesut Parlak şöyle eleştirmişti: "Bu öğrenciler ÖSS'ye türbanlı giriyor, sınavı kazanıyorlar türbanlı, kayıt yapılıyor türbanlı. Niçin bu sorun yapılıyor. Cumhuriyet yasaları neyi gerektirirse onun yapılması gerekir. Ben türbanlı öğrenciye kimlik veririm." Parlak ayrıca "Bu ülke bizim, bu ülkede sevgiyle saygıyla dil, din, ırk, mezhep, etnik köken ayırmadan bu mozaikte birlikte yaşayacağız." şeklinde konuşmuştu.