İpekçi’nin 1 Şubat 1979’da öldürülmesi olayıyla ilgili 25 Haziran 1979’da gözaltına alınan Ağca, 11 Temmuz 1979’da tutuklandı. Ağca, 25 Kasım 1979 tarihinde ise tutuklu bulunduğu Maltepe Askeri Cezaevi’nden firar etti. İpekçi’nin öldürülmesine ilişkin İstanbul 1 No’lu Sıkıyönetim Askeri Mahkemesi’nde gıyabında yargılanan Ağca’ya, 28 Nisan 1980’de idam cezası verildi.

Papa 2. Jean Paul’e yönelik 13 Mayıs 1981’de Saint Pierre Meydanı’nda suikast girişiminde bulunan Mehmet Ali Ağca, olay sonrası yakalanarak müebbet hapis cezasına çarptırıldı. Olaydan sonra Ağca’yı “vicdanen affettiğini” belirten Papa 2. Jean Paul, 27 Aralık 1983’te de Ağca’yı hücresinde ziyaret etti.

Ağca, 1996 yılında bir İtalyan televizyonuna verdiği röportajda, 15 yıldır tutuklu bulunduğunu, Vatikan’dan kendisini affetmesini ve serbest bırakmasını istediğini söyledi. Vatikan’ın ise bu röportaja ilişkin yaptığı yazılı açıklamada, Mehmet Ali Ağca’nın salıverilmesi için herhangi bir girişim olmadığı belirtilerek, Papa 2. Jean Paul’un Ağca’yı zaten affettiği kaydedildi.