Aytek.tüm meslek hayatı boyunca birçok önemli operasyonun içinde bulundu.. Ancak bunlardan en önemlisi ikinci Babalar operasyonuydu....

Emniyet Genel Müdürlüğü Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Daire Başkanı iken MİT'ten Mehmet Eymür ile birlikte ünlü babalar operasyonunu yaparak uzun süre Türkiye'nin gündemini sarsan Atilla Aytek akşam saatlerinde geçirdiği kalp krizi sonucu vefat etti.

Aytek ayrıca 2 sene Eskişehirspor başkanlığı yapmış 17 sene de Gençlerbirliği’nde idari asbaşkanlık, başkan vekilliği ve futbol şube sorumluluğu görevlerinde bulunmuştu.. Daha sonra kulüple ilişkisi noktalanmıştı.

En önemli Operasyonu
.....
İkinci Babalar Operasyonu, ilkinden 11 yıl sonra, 9 Şubat 1982 yılında tarihinde düzenlendi. İkinci operasyonun başında da Mehmet Eymür vardı. 12 Eylül Darbesi'nden sonra, kaçakçılığın terörün başlıca unsurlarından biri olduğu kanaatine varan devlet yetkilileri MİT Kaçakçılık İstihbarat ve Harekat Daire Başkanlığı ve Emniyet Genel Müdürlüğü ile yakın koordinasyon içinde olayların üzerine gitmesine karar verdi. Haziran MİT Müsteşarlığı bünyesinde Kaçakçılık Şubesi kurulmuş ve şube müdürü olarak Mehmet Eymür atanmıştı. Kaçakçılık konusunda Atilla Aytek’in başında olduğu Emniyet Genel Müdürlüğü Kaçakçılık ve İstihbarat Daire Başkanlığı ile çok yakın koordinasyonu başlayan MİT Kaçakçılık Şubesi, 9 Şubatta Dündar Kılıç, Behçet Cantürk, Vahit Kaynar ve Abuzer Uğurlu’yu sorguya alınması teklifini Genelkurmay Başkanlığı’na yapmış, teklifin uygun karşılanması üzerine gözaltına alınan babalar, sorgulandıktan sonra Ankara Sıkıyönetim Mahkemesine sevk edilmişti. Ankara'da sıkıyönetim'in kaldırılması ile Diyarbakır Sıkıyönetim Mahkemesinde görülmeye başlayan davalar yılında beraat kararı ile sonuçlandı ve tutuklu bulunan sanıklar Dündar Kılıç ve Behçet Cantürk serbest bırakıldılar.
Daha sonra Susurluk Kazası'nda hayatını kaybedecek olan emniyet müdür yardımcısı Hüseyin Kocadağ Babalar Operasyonunda tutuklanan sanıklardan Cantürk ile ilişkili olduğu için meslekten uzaklaştırıldı, Danıştay kararıyla mesleğe döndü.