Bakanlık açıklamasında, "İlk mahkeme kararı üzerine yapılan açıklamada belirtilen görüşlerimizi aynen korumaktayız. Bu mahkeme kararlarını her şeyden önce ifade özgürlüğünün ciddi bir ihlali olarak mütalaa ediyoruz" denildi. Açıklamada, kararlara, hukukun evrensel norm, ilke ve kuralları yerine, sübjektif değerlendirmeleri esas alan bir anlayışın hakim olduğu belirtilerek, kararlarda, 1915 olayları hakkında Ermeni çevrelerinin kendilerince inşa ettiği hafıza ve bazı kesimlerin yanlış kanaatlerinin tarihsel gerçekler yerine konulduğu ifade edildi. Bakanlık açıklamasında, tarihin yargı ve yasama organları tarafından değil, tarihçiler tarafından değerlendirilmesi ve yorumlanması gerektiği anlayışıyla Türkiye'nin, 2005 yılında Ermenistan'a bir Ortak Tarih Komisyonu kurulmasını önerdiğini de anımsatıldı. Açıklamada, ayrıca İsviçre hükümetinin, Federal Mahkemenin kararının ardından yaptığı açıklamada, Osmanlı İmparatorluğu'nun son dönemine ait olayların kendi bağlamında incelenerek açıklığa kavuşturulması görevinin tarihi araştırmalar alanına ait olduğunu ifade etmesi ve bu amaçla tarih komisyonu kurulmasını yararlı gördüğünü belirtmesinin memnuniyetle karşılandığı kaydedildi. Perinçek, 2005 yılında İsviçre'nin Winterthur kentinde düzenlenen bir konferans sırasında, "Ermeni soykırımı emperyalist bir yalandır" dediği için, İsviçre'de Ermeni iddialarını "inkar" yasasını ihlal ettiği gerekçesiyle bu yıl Lozan'da yargılanmış, Lozan mahkemesi 6 ve 7 Martta yaptığı duruşmalar sonunda Perinçek'i para cezasına çarptırmıştı.

Dışişleri Bakanlığı, Lozan mahkemesinin kararından sonra yayımladığı açıklamada, Perinçek hakkında mahkumiyet kararı verilmesinin "üzüntüyle" karşılandığını bildirmişti.

Açıklamada, "Doğu Perinçek'in özgür, demokratik, hukukun üstün olduğu her toplumda bireyin sahip olması gereken fikir beyan etme hürriyeti çerçevesinde dile getirmiş olduğu görüşlerin İsviçre Ceza Kanunu'nun tartışmalı bir maddesine aykırı düştüğü gerekçesiyle Ermeni-İsviçre Derneğinin şikayeti üzerine açılmış olan davada, mahkemenin İsviçre Ceza Kanunu'nun mükerrer 261. maddesi hükümlerini davacı tarafın iddialarına uygun şekilde yorumlayarak mahkumiyet kararı vermiş olması üzüntüyle karşılanmıştır" denilmişti.

Bakanlık açıklamasında, alınan bu kararın Türk halkı tarafından kabul edilmesinin mümkün olmadığı da ifade edilmişti.