Mahkeme, kararında Anayasa'nın 83/2 ve 14'üncü maddelerini gerekçe gösterdi. Anayasa'nın 83'üncü maddesinin 2'nci fıkrasında "Seçimden önce veya sonra bir suç işlediği ileri sürülen bir milletvekili, Meclisin kararı olmadıkça tutulamaz, sorguya çekilemez, tutuklanamaz ve yargılanamaz." ifadesine yer veriliyor. Ancak Ağır cezayı gerektiren suçüstü hali ve seçimden ön­ce soruşturmasına başlanılmış olmak kaydıyla Anayasanın 14 üncü maddesindeki durumların, bu hükmün dışında olduğu belirtiliyor.

Anayasa'nın 14'üncü maddesinde ise "Anayasada yer alan hak ve hürriyetlerden hiçbiri, Devletin ülkesi ve milletiyle bölünmez bütünlüğünü bozmayı ve insan haklarına dayanan demokratik ve lâik Cumhuriyeti ortadan kaldırmayı amaçlayan faaliyetler biçiminde kullanılamaz. Ayrıca Anayasa hükümlerinden hiçbiri, Devlete veya kişilere, Anayasayla tanınan temel hak ve hürriyetlerin yok edilmesini veya Anayasada belirtilenden daha geniş şekilde sınırlandırılmasını amaçlayan bir faaliyette bulunmayı mümkün kılacak şekilde yorumlanamaz." ifadesi yer alıyor. Anayasa'nın 14'üncü maddesinde belirtilen hükümlere aykırı faaliyette bulunanlar hak­kında uygulanacak uygulamaların ise kanunla düzen­leneceği kaydediliyor.

2005'te korgeneral rütbesiyle emekliye ayrılan Engin Alan, Türk Silahlı Kuvvetleri Güçlendirme Vakfı Başkanlığı'na getirildi. Alan, Balyoz soruşturması devam ederken Devlet Bahçeli'nin talebi üzerine MHP saflarına katıldı. 11 Şubat 2011'de "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini, şiddet ve cebir kullanarak ortadan kaldırmaya teşebbüs" suçundan tutuklandı. Balyoz sanığı Alan'ın Kolordu Komutanı olarak imzasının bulunduğu 24 Aralık 2002 tarihli 'Kişiye Özel' bir belgeye göre fişleme yaptığı iddia edilmişti. Keşan'daki 4. Mekanize Piyade Tugay Komutanlığı'na gönderildiği belirlenen belgede, 2002 seçimlerinden sonra irticai faaliyetlerde artış olduğu iddia edilerek, TSK personelinin de takip edilmesi gerektiği yazılıyordu. Ev ziyaretleri adı altında fişlemeler yapılmasını emreden belgede, İmam Hatip Liselerinde okuyan kız çocuklarının türban takıp takmadığı ve okullarda müdürler yoluyla kadrolaşmadan bahsediliyordu.(zaman)