Amerikan Federal Soruşturma Bürosu'nun da (FBI) New York Polisi gibi Müslümanları fişlediği ortaya çıktı. Amerikan Sivil Haklar Birliği (The American Civil Liberties Union-ACLU) tarafından kamuoyuna açıklanan rapora göre FBI, 2004 ila 2008 yıllarında San Francisco'da yaşayan Müslümanları izleyip haklarında rapor tuttu.

ACLU, FBI'ın 1974 yılında çıkarılan ''Amerikan Özel Haklar'' (U.S. Privacy Act) kanuna muhalif davrandığını belirterek, kişilerin dini özgürlüklerinin ayrıca anayasa ile koruma altında olduğunu hatırlattı. ACLU'dan yapılan açıklamada, FBI'nın açıkca kanun çiğnediği dile getirildi.ACLU'nun kamuoyuna fişleme olarak duyurduğu raporu için FBI, bunun Müslüman toplumun önde gelenleri ile yapılan toplantılarda tutukları notlar olduğu savunmasını yaptı. FBI Sözcüsü Michael Kortan, kurumun 2004-2008 yılları arasında toplum ile ilişkileri artırılması yönündeki bir programın hayata geçirilme çabası olarak açıklamaya çalıştı.

ACLU avukatlarından Hina Shamsi ise yaptığı basın açıklamasında, ''Hepimiz FBI'nin işini yapmasını anlıyoruz ancak bu yaptıkları yanlış. Milli güvelik adına bu tür yöntemler ters tepebilir'.' uyarısında buldu.

Daha önce New York Polis Departmanı'nın (NYPD) kuzeydoğu eyaletlerinde yaşayan Müslümanları takip edip, camilere ajanlar gönderdiği ortaya çıkmıştı. İlk defa geçen yıl yayınlanan ancak NYPD tarafından yalanlanan bir skandal da Ocak ayında New York Times gazetesinde çıkmıştı. Haberde NYPD'nin işe aldığı memurları ile üst düzey yöneticilerini Müslümanları karalayan, onları adeta canavar gösteren videoyu izleterek eğittiği kaleme alınmıştı.

ACLU 11 Eylül saldırılarından sonra Amerika'da Müslümanlara karşı artan nefret suçlarına dikkat çekerek yetkilileri bu konuda daha fazla duyarlı olmaya çağırdı