Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, 1 Haziran 2005 tarihinde yürürlüğe giren 5237 sayılı Türk Ceza Kanunu'nda ağır hapis cezası yerine “hapis cezası” kavramının getirilmesi üzerine Öcalan hakkındaki “ağırlaştırılmış müebbet ağır hapis” cezasını yeni yasaya göre uyarlamış ve cezayı “ağırlaştırılmış müebbet hapse” dönüştürmüştü.Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin (AİHM) yargılamada ihlal olduğu yönündeki kararının ardından yapılan yeniden yargılanma başvurusunu da yasal koşulları taşımadığı gerekçesiyle reddetmişti.Karara yapılan itiraz, İstanbul Ağır Ceza Mahkemesi'nce incelenerek, reddedilmişti. Öcalan'ın avukatları, istemin “duruşmalı” yapılması gerektiği iddiasıyla karara itiraz etmişlerdi.Temyiz istemlerini sonuçlandıran Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Öcalan'ın cezasının yeni yasaya uyarlanmasında duruşma açılması gerektiği yönündeki başvuruyu reddetti ve yerel mahkeme kararını onadı.Yüksek Mahkeme, yeniden yargılama konusundaki itirazı da yerinde görmedi. Yerel mahkeme kararına yapılan itirazın İstanbul Ağır Ceza Mahkemesi'nce sonuçlandırıldığı gerekçesiyle Öcalan'ın avukatlarının başvurusunu reddetti.
AİHM'in ihlal kararları karşısında yeniden yargılamaya olanak sağlayan 4793 sayılı yasa, yasanın yürürlüğe girdiği tarihte AİHM'nin kesinleşmiş kararları ile yasanın yürürlüğe girdiği tarihten sonra AİHM'ye yapılan başvurular üzerine verilecek kararların yeniden yargılamaya tabi olmasını öngörüyor.Yasa yürürlüğe girdiğinde, AİHM, henüz Öcalan dosyası ile ilgili karar vermemişti. Yerel mahkeme de bu nedenle yeniden yargılanma talebini reddetmişti.