Gruplarını ilk sırada bitiren 12 takım ve Şampiyonlar Ligi’nden gelen en iyi 4 grup 3.’sü (Napoli, Benfica, Shakhtar, Basel) ilk torbada, UEFA Avrupa Ligi’ni 2. bitiren 12 takım ile Devler Ligi’nden gelen diğer 4 grup 3.’sü (Ajax, Juventus, Porto, V.Plzen) 2. torbada yer alacak. Trabzonspor, Lazio haricinde ikinci torbada yer alan 15 takımdan biriyle rakip olacak. Kurada 3. tur eşleşmeleri de belli olacak.