Ağar, PKK’ya af tartışmalarıyla ilgili "Meseleyi Türkiye’nin kendi kendine çözebileceği bir toplumsal iklime taşımak istiyorum" diyerek şunları söyledi: "Bu Hükümet döneminde, terörle mücadele dışarıya ihale edildi. Diyarbakır’ın meselesini Washington’da, Süleymaniye’de değil Ankara’da çözersiniz. Ama işi öyle bir hale getirdiler ki, örgüt dar kapsamlı bir destekle ayakta dururken, şimdi uluslararası ilişkilerde statü kazanma yolunda ilerliyor."
Ağar, Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt ve kuvvet komutanlarının son zamanlarda sık sık irtica konusunu gündeme getirmelerini de eleştirerek şöyle konuştu: "Marjinal gruplar, cumhuriyet döneminde de imparatorluk döneminde de hep vardı. Ama devletin adli kurumları, bunları her zaman izlemiştir, bundan sonra da izleyecektir. Kimse bu tehlikeyi ortaya koyamaz. İrtica tanımı ile ilgili her dakika bunu gündeme getirirseniz, bu konuyla ilgisi olmayan insanları da bunun içine sokarsınız. Sırf hükümeti sıkıştırmak için böyle bir şey yapılmamalı."