Daha sonra İstanbul Defterdarlığının itirazı üzerine yapılan incelemede Beyoğlu 3’ncü Ağır Ceza Mahkemesi’nin, "atılı suçun nevi itibarıyla zamaşımı süresi dolmadığından" takipsizlik kararını kaldırdığını anımsatan Çiçek, Unakıtan dosyasını arşive çeken zabıt katibi hakkında herhangi bir işlem yapılmadığını şöyle açıkladı: "Dosyanın Fatih Cumhuriyet Başsavcılığına iade edilmesinden sonra, hazırlık kalemi arşive zuhulen kaldırdığı anlaşılınca, hazırlık soruşturması evrakının gereğine tevessül edilerek 2005/260 hazırlık sırasına kaydedildiği, ilgili memur hakkında görevi ihmal suçundan başlatılan hazırlık soruşturması sonucunda 17.2.2005 tarihinde sanık memurun suç işleme kastı bulunmadığından (kamu adına takibat yapılmasına yer olmadığına) karar verildiği anlaşılmıştır."

Adalet Bakanı Çiçek, söz konusu soruşturmayı bir müddet işlemsiz bıraktığı öne sürülen ilgili Cumhuriyet savcısı hakkında da Bakanlık Ceza İşleri Genel Müdürlüğünce başlatılan incelemenin devam ettiğini de bildirdi.

Soruşturma sırasında Unakıtan’ın İstanbul milletvekili seçildiğinin anlaşılması üzerine 5.1.2005 tarihli fezlekenin Adalet Bakanlığı’na gönderildiğini, kendilerinin de 8.2.2005 tarihli 6191 sayılı yazı ekinde fezlekeyi Başbakanlığa sunduğunu açıklayan Çiçek, fezlekenin kendilerinde bekletilmediğini belirtti.

Çiçek, Unakıtan’ın da aralarında bulunduğu sanıkların İstanbul 3’ncü Ağır Ceza Mahkemesi’ndeki dava kapsamında 1998 yılına ait Hazine zararına karşılık 3 trilyon 958 milyarı ödediğini açıklarken, konuyla ilgili Yargıtay 11’nci Ceza Dairesi’nin bozma kararından sonraki duruşmanın 31 Mayıs’ta yapıldığını bildirdi.
1997 yılına ilişkin kaçakçılık tutarı olan 974 milyar 661 milyon 912 bin 540 TL ile ilgili miktarın ödenip ödenemdiğiyle ilgili soruya ise Adalet bakanı Çiçek, Maliye Bakanlığından aldığı görüş doğrultusunda, "Vergi mahremiyeti" ilkesi uyarınca yanıt veremeyeceğini açıklamakla yetindi.