Hâkim Peksak, Balyoz soruşturmasında tutuklanan muvazzaf ve emekli subayların avukatları tarafından, “savunma haklarının kısıtlanması ve soruşturma dosyalarını incelemeden sabit kararla tutuklama kararları verdiği” iddiasıyla suçlanmıştı. Balyoz soruşturması kapsamında 51 kişi gözaltına alındı. Soruşturma savcıları Mehmet Berk, Ali Haydar ve Bilal Bayraktar tarafından sorgulanan muvazzaf ve emekli subaylardan 34’ü tutuklanma talebiyle Nöbetçi Hâkim Peksak’ın karşısına çıkartıldı. Mahkemeye sevk edilenlerden sadece sağlık problemi olan Albay Mustafa Yoleri serbest kaldı. Mahkemede rahatsızlanan Yoleri hastaneye kaldırıldı. Soruşturma kapsamında gözaltılar sonrası çıkan tutuklama oranı yüzde 60’ı bulurken, mahkemeye sevk edilenlerin tutuklanma oranı yüzde 97 oldu.  Bu oran Ergenekon soruşturmasındaki bütün tutuklama oranlarının da üzerine çıktı. Ergenekon soruşturması kapsamında en yüksek tutuklama kararını veren hâkim, 13. Ağır Ceza Mahkemesi üyesi Sedat Sami Haşıloğlu’ydu. 22 Ocak 2008’de yapılan operasyonlar sonunda gözaltına alınan 27 kişiden 6’sı savcılıktan serbest bırakıldı. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi üye hâkimi Sedat Sami Haşıloğlu’nun karşısına çıkan 21 kişiden 13’ü tutuklandı, 8’i serbest kaldı. Hâkim Haşıloğlu Temmuz 2008’de 21 kişinin gözaltına alındığı operasyonda da nöbetçi hâkimdi. Mahkemeye 18 kişi çıkartıldı. 10 kişi tutuklandı. 23 ve 25 Ocak 2009’de gözaltına alınan 26 kişiden 6’sı savcılıktan serbest bırakıldı. 14. Ağır Ceza Mahkemesi üye hâkimi Resul Çakır, mahkemeye sevk edilen 20 kişiden 18’ini tutukladı.   

Bayburt’tan atandı

10’UNCU Ağır Ceza Mahkemesi Üyesi Ali Efendi Peksak, 2008 yılı kararnamesinde 1’inci sınıf hâkim olunca Bayburt’tan İstanbul Adliyesi’ne atandı. Bayburt Adliyesi internet sitesinde Peksak ve görev yerleri değişerek başka illere atanan hâkim ve savcılar için düzenlenen gecedeki görüntüleri yer alıyor. 16 Ekim 2008’deki gecede Peksak’a hizmetlerinden dolayı şilt takdim ediliyor.