''Anayasa'daki kuvvetler ayrılığı prensibi açısından tartışmalı bir yemek olduğu'' değerlendirmesinde bulunan Baykal, yargı organlarının başkanlarının iktidar ile buluşturulması girişiminin siyaset tarihinde ilk kez yaşandığına dikkati çekti. Baykal, ''Yargı organlarının başkanlarının iktidar ile buluşturulması kuvvetler ayrılığı ve yargı bağımsızlığı ilkesine aykırıdır. yargı organlarının iktidara mesafeli olması gerekir'' dedi.
Baykal, MYK toplantısında, Adalet Bakanı Mehmet Ali Şahin'in ''Ergenekon'' soruşturması ile ilgili TBMM'de araştırma komisyonu kurulması yönündeki talebe ilişkin sözlerini de değerlendirdi.

Soruşturma kapsamında yapılan kazılarda elde bulunan silahların davadan bağımsız olarak araştırılması ve elde edilen sonuçların hızla kamuoyunun bilgisine sunulması yönündeki görüşlerini yinelen Baykal, iktidarın soruşturma dışında ayrı bir araştırmaya girmekten kaçındığını söyledi. Baykal, komisyon kurulup kurulmaması konusunda Adalet Bakanı'nın değil, Meclisi'in karar verebileceğini söyledi. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ve Adalet Bakanı Şahin'in son günlerde ''yargısız infaz yapılmaması'' yönünde açıklamaları olduğunu ifade eden Baykal, ''Ergenekon'' soruşturmasının ''herkesin hukuku çiğnenerek'' yürütüldüğünü ve bunun artık herkes tarafından görüldüğünü belirtti.

Deniz Baykal, iktidarın ''yargısız infaz yapılmaması'' gibi hukukun en temel kavramlarından birini bu aşamada hatırladığını kaydederek, bu durumu eleştirdi. Baykal, CHP'nin tavrı ve kamuoyunun tepkisiyle ''Ergenekon'' soruşturmasında hukuk kurallarının çiğnendiğinin artık açıkça ortada olduğunu savunarak, bu durumun kendilerinde ''davaya biraz daha çeki düzen verileceği beklentisini'' oluşturduğunu bildirdi. Toplantıda, AKP'nin ''bütünüyle yolsuzluklara battığının'' her geçen gün biraz daha ortaya çıktığını ifade eden Baykal, böyle bir partinin ve liderinin ''temiz eller operasyonundan'' söz edemeyeceğini ifade etti.

''Başbakan'ın temiz eller operasyonundan bahsetmesi için önce kendi ellerini temizlemesi lazım'' diyen Baykal, iktidarın dokunulmazlıkların ardına sığındığını söyledi.