Tekin, Ergenekon davasında silahlı terör örgütü yöneticisi olmak, zorla hükümeti ıskata teşebbüs, TC hükümetine karşı silahlı isyana tahrik, devletin güvenliğine ilişkin belgeleri bulundurma suçlarından yargılanmıştı.

Hakkında 2 ağırlaştırılmış müebbet, 258 yıldan 524 yıla kadar hapis istenen Tekin, 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında iki kez ağırlaştırılmış müebbet ve ayrıca 117 yıl 1 ay hapis cezasına çarptırılmıştı.

Muzaffer Tekin, özel yetkili mahkemelerin kaldırılması ve Anayasa Mahkemesi'nin hak ihlali kararının adından 10 Mart 2014’te tahliye olmuştu.