Bardakoğlu, yaptığı açıklamada, haberi dehşet ve hayretle okuduğunu belirterek, bu sözler, “Papa'nın kendi iç dünyasındaki kini, düşmanlığı, nefreti yansıtıyorsa” çok daha vahim bir durumla karşı karşıya olunduğunu söyledi.Papa'nın sözlerinin, hem Hıristiyanlık dünyası hem de insanlığın ortak barışı adına fevkalade kaygı ve üzüntü verici olduğunu ifade eden Bardakoğlu, Papa'dan sözlerini acilen geri almasını ve özür dilemesini beklediklerini bildirdi.
Batı'da İslam dünyası, İslam ve İslam'ın peygamberi hakkında hep önyargılı, taraflı, bilimsellikten uzak ve hasmane değerlendirmeler yapıldığını dile getiren Bardakoğlu, şunları kaydetti:

HAÇLI ZİHNİYETİ

“Kilise, tarihte batı kamuoyunu da ayağa kaldırarak İslam'ı düşman gördüğü için haçlı seferleri yaptı. İstanbul'u işgal ettiler, binlerce insan öldürüldü. Ortodoks Hıristiyanlar ve Yahudiler öldürüldü ve zülüm gördüler. Hıristiyan teologlar 4. asırdan itibaren dünyayı hep 'Hıristiyani dünya-şeytani dünya', 'Hıristiyani güç- şeytani güç' olarak ikiye ayırdılar. Zihinlerinde hep bu kategori oldu. Hıristiyan dışındaki dünyayla savaşmayı kutsal bir görev olarak gördüler. Onun için Batılı kilise adamlarının beyin arkalarında hep haçlı zihniyeti ve kutsal savaş anlayışı vardır. Öyle zannediyorum ki Papa'nın bu sözleri de beyin arkasındaki kutsal savaş ve haçlı zihniyetinin bir yansıması gibi görünüyor. Batı'nın Ortaçağ boyu İslam hakkında önyargılı ve çarpıtılmış bir kanaate sahip olduğunu sadece bizler değil, birçok insaflı Batılı bilim adamı da söylüyor.”
“AKLI DEVRE DIŞI BIRAKAN HIRİSTİYAN KİLİSEDİR”
Papa'nın “İslam'da Tanrı ile akıl arasında bağlantı olmadığı” yönündeki iddialarını da değerlendiren Bardakoğlu, “O konuda sorgulanması gereken Kilise'nin yaptıklarıdır. Kilise dinin orijinalinde yaptığı tahribatı akıl zannetti. Hıristiyan Kilise, tarihte aklı devre dışı bırakarak, kendi çıkarlarını kendi hiyerarşik yükselmesini öne çıkardığı, insanların dindarlıkları üzerine tahakküm kurduğu, Tanrı ile fert arasına girip adeta kutsalı sömürdüğü için Batı bir aydınlanma ve reform süreci yaşadı. Bugün Batı'da din karşıtlığı varsa onun sorumlusu aklı devre dışı bırakan Hıristiyan Kilise'dir” diye konuştu.Papa'nın aynayı kendine tutması, kendi iç dünyasındaki duyguları zapt etmesi ve Batı'nın çokça telaffuz ettiği barış, sevgi, ötekine saygı gibi kavramları özümsemesi ve içselleştirmesi gerektiğini kaydeden Bardakoğlu, kendi dinine saygılı bir din adamından böyle bir ahlaki erdem beklediğini söyledi.

"ELEŞTİRİYE AÇIĞIZ"

Papa'nın söylediklerinin ötekine saygı, dine saygı ve ortak ahlaki erdemler çerçevesine sığmadığını ifade eden Bardakoğlu, şöyle konuştu:“Hele hele eleştiri hiç değildir. Çünkü biz eleştiriye açık bir geleneğiz. Bir din adamı, bilim adamı, bir dinin tarihinde o dine mensup insanların yanlışlarını eleştirirse bunu tartışırız. Ama bir dinin kutsalına, peygamberine, kitabına yönelik bir dil uzatma varsa artık bu küstahlıktır, düşmanca bir ifadedir ve din kavgasını körükleyen büyük bir talihsizliktir.
Batı'da birçok insan, Batı'nın teknolojik ekonomik ve askeri üstünlüğünün verdiği bencillikle küstahlıkla ve tepeden bakmacı tavırla öteki kültüre mensup insanları yargılıyor. Halbuki gerçek medeniyet, teknolojide ve ekonomik gelirde üstünlük değil, insani ve ahlaki erdemlerde insana insan olduğu için saygı göstermede ilerleyebilmektir. Papa'dan ve diğer kilise adamlarından bu gerçek medeniyetin öncüleri olmalarını beklerdim. Böyle olabilirse bir din adamı o zaman saygın olur.”

MEMUR-SEN'İN TEPKİSİ
 
Memur-Sen Genel Başkanı Ahmet Aksu, Papa 16. Benediktus'un İslam dini ve Hz. Muhammed hakkındaki sözlerine tepki göstererek, ”Sayın Papa, Ortaçağ karanlığını ve barbarlığını tekrar dünyaya yaymak istiyor” dedi. Aksu, yaptığı yazılı açıklamada, önemli bir din ve devlet adamının, kin ve nefreti körükleyecek sözler sarf etmesinin hiç kimseye yararı olmayacağını kaydetti.    
Papa'nın, İslam ile şiddeti bağdaştıran açıklamalarda bulunmasını bir din adamının misyonuna yakıştıramadığını ifade eden Aksu, "Sayın Papa'ya bir an önce Kur'an-ı Kerim, Mevlana, Yunus Emre, Hacı Bektaşi Veli okumasını tavsiye ediyoruz. Papa bunları okursa, İslam'ın diğer dinlere karşı gösterdiği engin hoşgörü karşısında utanacak ve Müslümanlardan özür dileyecektir” dedi.