Yeni Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt, görevi devrederken ve devir alırken iki iç tehditte dikkat çekti; Bölücülük ve irtica. Bölücülük için verilen mücadele ortadaydı ama irtica ile mücadeledeki cephede işler nasıldı? Uğrunda mücadele etmek için darbe bile yapılan irtica ile mücadeleyi kimler takip ediyordu? Cumhuriyet tarihi kadar eski bir tehdittir irtica.  Türk siyasi yaşamında hem din vardır hem de buna karşı kendisini korumak isteyen bir devlet örgütü. Çoğu zaman bu iki yapı karşı karşıya gelmiştir ve her seferinde devlet bu mücadeleden galip ayrılmıştır. Mücadele sonrasında pek çok mahkeme kararı ile kapatılan parti “irticai faaliyetlerin odağı” olduğu gerekçesiyle kapatılmıştır.1980 Askeri Darbesi sonrasında önü tıkanan sağ ya da sol siyasetin örgütlendiği alanlar elinde din gibi bir iletişim silahı olan İslami yapıların eline geçti ve Siyasal İslam buralardan beslenerek iktidara kadar ulaştı. Belki de bu darbenin, kendisinden sonraki darbenin gerekçesini hazırlamaktan başka bir şey değildi. İrtica ile mücadele nedeniyle Türkiye, aktörleri tarafından “post modern” olarak tanımlanan bir darbeye de tanıklık yaptı. Darbenin adı, irtica ile mücadele yasalarının askerler tarafından siyasal iktidara dayatıldığı  Milli Güvenlik Kurulu (MGK) toplantısının yapıldığı günün adıydı: 28 Şubat. Ve iktidarda Türkiye’deki siyasal İslam’ın temsilcisi Milli Görüş’ün o dönemki partisi Refah Partisi vardı. MGK’nın sivil üyelerinin büyük kısmı da bu partinin yöneticileriydi. Ve koalisyon ortağı olmalarına karşın her gün Türkiye’de bir irticai faaliyetler tartışması yapılıyordu. MGK toplantısı aslında aniden gelişmiş bir sürecin başlangıcında yer almıyordu. Süreç Genelkurmay’ın MGK’ya sunduğu bir raporla başladı. Raporda hızla sayıları artan İmam Hatipler ile yasal ve yasal olmayan Kuran Kurslarından söz ediliyor ve bunların aritmetik verileri ard arda sıralanarak toplanıyordu. Ortaya gerçekten de hayli ilginç sonuçlar çıkıyordu. Rapordaki bilgilere göre İmam Hatipler ile Kuran Kurslarının mevcut haliyle devam etmesi halinde Siyasal İslam’ın Türkiye’deki temsilcisi Milli Görüş partileri 2000’li yıllarda yapılacak seçimde yüzde 34, 2005’de ise yüzde 66 oy alması mümkündü. Ve yine rapora göre dine dayalı bir devlet düzeni kurulması için yeterliydi. Rapor gayet açıktı ve tartışılır bir yanı da yoktu. Ve bu rapor 28 Şubat tarihli 8 saat süren MGK toplantısında ele alında. Toplantıda 18 madde karar altına alındı bunların 17’si doğrudan siyasal iktidarı muhatap alan irtica ile mücadeleyi önüne hedef olarak koyan hükümlerdi. Dönemin Başbakanı Refah Partisi Genel Başkanı Necmettin Erbakan MGK’da geçirdiği zor saatlerden sonra partisinin grup toplantısını düzenleyerek toplantıyla ilgili bilgi verdi. Ülke en gergin saatlerini yaşarken Erbakan, MGK’daki hükümlere itiraz ettiği için kararı imzalamadığını söyledi. Erbakan’ın bu direnişi 5 gün sürdü. Askerler bastırınca Erbakan 406 sayılı MGK kararlarına attığı imzanın “prosedür” gereği olduğunu söyledi. Gerçekten öyleydi. O toplantıda alınan kararların hiçbirisi Refah Partisi hükümeti döneminde hayata geçirilmedi. Ancak bu toplantı ile başlayan süreç 4 ay sonra Erbakan Başbakanlığında hükümeti de bitirdi. Bu arada Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’nda oluşturan ve adına “Batı Çalışma Grubu” denilen oluşum da, darbe tartışmalarının en merkezinde yer aldı. Bu grup hem irticai faaliyetleri hem de kadrolaşmayı yakın takibine almıştı.Erbakan’dan sonra Başbakanlık koltuğuna ANAP Genel Başkanı Mesut Yılmaz 28 Şubat tarihli MGK toplantısında alınan kararların uygulanması için gerekli yönetmeliği çıkardı. Kararlar arasındaki en önemli düzenleme olan kesintisiz zorunlu eğitimin 8 yıla çıkarılması hayli zor oldu ve Ağustos ayının sıcak bir gününde 35 oy farkla kabul edildi. Böylece İmam Hatiplerin orta kısımları kapatıldı. Ardından irtica ile mücadeleyi takip için Başbakanlıkta Başbakanlık Takip Kurulu oluşturuldu. Bu kurul ayda iki kez toplandı ve kendisine doğrudan ya da dolaylı gelen irticai faaliyetler ya da kadrolarla ilgili raporlar hazırladı. Kurul’un görev yaptığı 1997’de 2 bin 956 ve 1998’de ise 4 bin 420 kişiyi irticai faaliyetlere katıldıkları gerekçesiyle emniyet ve istihbarat birimleri yakın takibe aldılar ve sonuçlarını Kurul’a bildirdiler.  Kurul, Başbakanlık Müsteşarı başkanlığında İçişleri, Adalet, Milli Eğitim ve Milli İstihbarat Müsteşarları ile Genelkurmay ve MGK temsilcileri, Diyanet İşleri ve Yüksek Öğretim Kurumu başkanların oluşuyordu.MGK’ya Kurul tarafından 2001 yılındaki irtica ile mücadeleyi değerlendiren bir rapor da sunuldu. 7 sayfalık raporda özellikle “devlet içindeki irticai kadrolaşmanın önlenmesi” amacıyla yapılan çalışmalardan ve 8 yıllık kesintisiz eğitim ile İmam Hatip üzerinden yükselen irticai faaliyetlerin azalmış olmasından övgü ile söz edildi. 2002 yılında kurulan AK Parti hükümeti sonrasında bu raporların da önemi kalmadı. AK Parti hükümetinden sonra doğal olarak Kurul’da da büyük değişiklikler gerçekleşti. Toplantılarda ihbar mektupları yerine istihbarat birimlerinin raporlarının dikkate alınması ve burada hazırlanan raporların bilgi olarak MGK’ya sunulması ve ayda iki kez yerine bir kez toplanılmasına karar verildi. Kurul’un yeni fotoğrafı aslında hayli ilginçti. Bir önceki iktidar döneminde eşleri başörtülü olduğu, 5 vakit namaz kıldıkları ve dini duyarlılıkları ağır bastığı için üzerlerinde araştırma yapılacak isimler şimdi kurul üyesiydi. Bunların başında da “İslami Yönetim” adlı kitabıyla halen tartışılan bir isim olan Başbakanlık Müsteşarı Ömer Dinçer yer alıyordu. Ve Dinçer başkanlığındaki Kurul’un belki de tek önemli icraatı, bir genelge ile bazı İslami sözcüklerin Kamu kurumları tarafından kullanılmasını önlemek oldu. Bu sözcüklerin arasında Hizbullah, İslami Terör, dinci terör gibi örnekler de vardı.